В годы гражданской войны Колчак стал одним из самых узнаваемых лидеров белого движения. 18 ноября 1918 года адмирал сверг в Омске временное сибирское правительство, провозгласил себя Верховным правителем России и поставил цель - свергнуть власть большевиков. Он возглавил Сибирскую армию, созданную еще самим временным сибирским правительством за несколько месяцев до своего свержения. Численность этой армии составляла около 400 000 солдат. В ее состав, помимо добровольцев, вошли также казаки и части Чехословацкого корпуса (белочехи). Возглавляли Сибирскую армию генералы А.Н. Пепеляев, Р. Гайда, П.П. Иванов-Ринов.
29 ноября 1918 года началось наступление «сибирцев» на важнейший промышленный центр Урала – город Пермь. Под давлением Сибирской армии 3-я армия красных, неся большие потери, неуклонно отступала, сдавая позиции одну за другой. Уже 15 декабря белые заняли станции Калино и Чусовая. 21 декабря корпус генерала А.Н. Пепеляева выбил красных из Кунгура. А в ночь на 25 декабря генерал А.Н. Пепеляев взял Пермь. Белые вошли в город со стороны Мотовилихи. Итогом пермской операции стал полный разгром 3-й армии красных и захват Кунгура, Перми и Мотовилихи.
Красные и местные большевики ушли из города через мост, за Каму в сторону Москвы.
В советской и современной историографии принято говорить о взятии Перми А.В. Колчаком. Однако это не совсем верно, поскольку адмирал непосредственно при взятии города не присутствовал. Победа Сибирской армии и взятие важнейшего индустриального центра региона, которым тогда являлась Пермь, в большей степени заслуга генерал - майора А.Н. Пепеляева, которому было всего 27 лет от роду. За свои заслуги генерал получил прозвище «Сибирский Суворов» и пользовался большим уважением среди подчиненных.
Сам адмирал посетил Пермь 19 февраля 1919 года. Его поезд прибыл на Пермский вокзал (в районе нынешней Перми 1) в 8 часов утра.
Сразу после прибытия в Пермь Колчак отправился на торжественное богослужение в кафедральный Спасо-Преображенский собор. На Соборной площади его уже ждали граждане Перми и духовенство во главе с тогдашним епископом Борисом.
В ходе рабочей поездки по городу Колчак посетил здание Благородного собрания, Губернскую земскую управу, Сенную площадь, Александровскую больницу, Мотвилихинский завод, мужскую и женскую гимназии и другие значимые для города учреждения.
А как отнеслись к присутствию белогвардейцев в городе сами пермяки? В большинстве своем они воспринимали белогвардейцев без особой опаски и даже с безразличием. Пермяки продолжали жить своей жизнью и заниматься повседневными делами. За весь период присутствия белых в городе, то есть с 25 декабря 1918 по 1 июля 1919 года, никаких попыток восстания местные жители против новой власти не предпринимали. И объясняется это не только блестящей работой колчаковской контрразведки, но и социальным составом тогдашнего пермского населения.
Дело в том, что Пермь являлась политической, экономической и культурной столицей Урала. В городе проживало много чиновников, купцов, промышленников, врачей, учителей, профессоров Пермского университета, артистов, домовладельцев, духовенства и т.д. Одним словом, образованная и зажиточная часть населения, которая никаких симпатий к большевикам не питала и не ждала от советской власти ничего хорошего. Тем более, что пермяками еще не были заботы «подвиги» большевиков, которые те совершали во времена своего господства в Перми.
Расправы без суда и следствия над Великим князем Михаилом Александровичем и его секретарем Н. Н. Жонсоном, убийства епископа Пермского и Кунгурского Андроника (Никольского) и его преемника Феофана (Ильменского) и, наконец, расстрел последних спутниц царской семьи Е.А. Шнейдер и А.В. Гендриковой вряд ли могли остаться незамеченными.
Почти сразу после прихода белых в городе была создана Комиссия по расследованию преступных деяний большевиков и их союзников. В ее состав вошли местные юристы, сотрудники университета и представители духовенства. Комиссия собирала доказательства преступлений прежней власти. Возглавил ее начальник Пермского гарнизона подполковник Эпов.
Во время пребывания в Перми белых была перестроена система управления. Помимо этого, было восстановлено Пермское земство, которое было необходимо, так как оно занималось важнейшими коммунальными вопросами, разрешена свободная торговля мясом, молоком и маслом, что, в свою очередь, было также немаловажно для купеческого города. Генералом А.Н. Пепеляевым была проведена мобилизация населения в ряды Сибирской армии. Тогда были созданы знаменитые Пермская стрелковая дивизия и Камская речная флотилия.
В городе продолжали свою деятельность эсеры и меньшевики. Принадлежность к партии большевиков и даже любое сочувствие к ним строго преследовались. Оставшихся в Перми и ушедших в подполье большевиков разыскивали, арестовывали и отправляли на допросы.
Кроме того, предполагалось провести выборы гласных (депутатов) в Пермскую городскую думу. За это отвечал тогдашний городской голова А.Е. Ширяев. Сами выборы планировали провести 15 июня. Эти выборы так и не состоялись, поскольку красным удалось прорвать фронт. А в ночь на 1 июля 1919 года Пермь была отбита войсками красных.
